Καποδιστριακό Ορφανοτροφείο
Το Καποδιστριακό Ορφανοτροφείο υπήρξε το πρώτο μεγάλο δημόσιο κτίριο που κατασκευάστηκε από τον Ι. Καποδίστρια στην Αίγινα, βάσει σχεδίων και υπό την επίβλεψη του αρχιτέκτονα Θεόδωρου Βαλιάνου. Η κατασκευή του ξεκίνησε την άνοιξη του 1828 και τα εγκαίνια πραγματοποιήθηκαν τον Απρίλιο του 1829. Αρχικός σκοπός του ήταν η στέγαση, σίτιση και επαγγελματική εκπαίδευση των ορφανών του απελευθερωτικού αγώνα.
Για τον σκοπό αυτό λειτούργησαν αλληλοδιδακτικό σχολείο και επαγγελματικά εργαστήρια ραπτικής, ξυλουργικής, ωρολογοποιίας, βιβλιοδετικής, υποδηματοποιίας και τυπογραφίας. Παράλληλα, στον ίδιο χώρο στεγάστηκαν η πρώτη Εθνική Βιβλιοθήκη, το Εθνικό Τυπογραφείο, το πρώτο Αρχαιολογικό Μουσείο με διευθυντή τον Κερκυραίο λόγιο Ανδρέα Μουστοξύδη, η πρώτη Νομισματική Συλλογή, το Ωδείο, καθώς και η πρώτη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων.
Στη συνέχεια το κτίριο πέρασε από διάφορες χρήσεις, με τελευταία εκείνη της φυλακής υψίστης ασφαλείας για ποινικούς και πολιτικούς καταδίκους (1880–1984), οπότε παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού προκειμένου να αναστηλωθεί και να λειτουργήσει ως διαχρονικό Μουσείο. Έχουν ήδη πραγματοποιηθεί κάποιες βασικές οικοδομικές εργασίες, ωστόσο το πρόγραμμα έχει διακοπεί εδώ και αρκετά χρόνια, καθώς απαιτείται η διάθεση των αναγκαίων πιστώσεων.
Δημοτικό Θέατρο
Το κτίριο βρίσκεται στο κέντρο της πόλης, στην ίδια ευθεία με το Ευνάρδειο και πλησίον του Ναού της Μητροπόλεως. Φαίνεται ότι προϋπήρχε της Καποδιστριακής εποχής, χωρίς να γνωρίζουμε με ακρίβεια την αρχική του χρήση. Το 1828 επισκευάστηκε αρχικά από τον αρχιτέκτονα Θεόδωρο Βαλιάνο και αργότερα από τους Στ. Κλεάνθη και E. Schaubert, χρησιμοποιούμενο ως αλληλοδιδακτικό σχολείο και στη συνέχεια ως προκαταρκτικό σχολείο που προετοίμαζε τους μαθητές για το ανώτερο Κεντρικό Σχολείο (Ευνάρδειο). Σήμερα φιλοξενεί το Δημοτικό Θέατρο Αίγινας και χρησιμοποιείται για πολιτιστικές εκδηλώσεις.
Κυβερνείο
Το κτίριο ανήκε στον Αρχιμανδρίτη Γρηγόριο Μοίρα και παραχωρήθηκε για να χρησιμεύσει ως κατοικία του Ιωάννη Καποδίστρια, αλλά ταυτόχρονα και ως κυβερνητικό κτίριο που θα στέγαζε την Κυβέρνηση και τις Δημόσιες Υπηρεσίες. Για τον σκοπό αυτό ο Θεόδωρος Βαλιάνος ανέλαβε την επισκευή και διαμόρφωσή του. Μετά την αναχώρηση του Κυβερνήτη για το Ναύπλιο στα τέλη του 1829 και τη μεταφορά εκεί των Δημοσίων Υπηρεσιών, το κτίριο πέρασε από διάφορες χρήσεις, με τελευταίες αυτές του Γυμνασίου και της στέγασης του Ιστορικού Αρχείου Αίγινας από το 1989 έως σήμερα. Υπάρχουν υποθέσεις ότι στον ίδιο χώρο λειτούργησε το Εθνικό Νομισματοκοπείο, αν και πιθανολογείται ότι εκεί βρίσκονταν μόνο τα γραφεία και οι χώροι φύλαξής του, καθώς οι εργασίες κατασκευής νομισμάτων απαιτούσαν χρήση φωτιάς και υψηλών θερμοκρασιών.
Πύργος Μαρκέλλου
Πρόκειται για κτίριο που προϋπήρχε της Καποδιστριακής εποχής και ανήκε στον Αιγινήτη πρόκριτο, Φιλικό, αγωνιστή της Επανάστασης του 1821 και μετέπειτα βουλευτή Σπύρο Μάρκελλο. Η αρχιτεκτονική του παραπέμπει σε ενετικό κτίσμα του τέλους του 17ου αιώνα και φαίνεται ότι αποτελούσε τμήμα οχυρωματικού έργου που προστάτευε το λιμάνι.
Στο κτίριο στεγάστηκε αρχικά η Αντικυβερνητική Επιτροπή από το 1826, αποτελούμενη από τους Γ. Μαυρομιχάλη, Ι. Μηλαίτη και Ι. Νάκο. Μετά την άφιξη του Κυβερνήτη το 1828 χρησιμοποιήθηκε ως έδρα του Εθνικού Ταμείου και αργότερα ως Φρουραρχείο–Διοικητήριο με διοικητή τον Ψαριανό Ανδρέα Γιαννίτση. Ο Πύργος φιλοξένησε περιστασιακά επιφανείς αγωνιστές και πολιτικούς, όπως οι Γ. Κουντουριώτης, Ν. Μέξης, Ι. Κωλέττης και Κ. Φαβιέρος.
Σήμερα στεγάζει το Καποδιστριακό Πνευματικό Κέντρο του Δήμου Αίγινας και το Κέντρο Κοινωνικού Προβληματισμού «Σπύρος Αλεξίου», ενώ ο ισόγειος χώρος χρησιμοποιείται περιστασιακά για εκθέσεις και πολιτιστικές εκδηλώσεις.